​​独立核算的分公司虽在财务上单独核算，但法律上仍是总公司的附属机构，不具备独立法人资格，其民事责任最终由总公司承担。​​ 这种模式下，分公司可自主开展业务并独立记账，但核心资产、人事任免和战略决策仍受总公司控制，且债务风险无法完全隔离。

分公司的独立核算主要体现在财务层面：可开设独立银行账户、编制单独报表，并在当地申报纳税（如增值税）。但企业所得税通常需与总公司合并计算，遵循“统一核算、分级预缴”原则。这种安排既能适应区域化经营需求，又保持集团财务管控的灵活性。值得注意的是，​​总公司与分公司签订的“自负盈亏”内部协议仅对双方有效，对外部债权人无约束力​​，一旦分公司资不抵债，债权人仍可追溯总公司资产。

从管理角度看，独立核算的分公司需定期向总公司报送财务数据，接受审计监督。总公司在资源调配（如资金调拨、设备调用）上具有绝对权限，而分公司经营范围不得超出总公司营业执照列示项目。实践中，​​税务部门可能对“独立核算”资质进行严格审查​​，若发现分公司实际未独立运营，可能要求补缴税款或取消优惠资格。

对于企业而言，选择分公司而非子公司模式，通常基于简化设立程序、降低合规成本或实现亏损抵免等考量。但需警惕“独立核算”带来的认知误区——分公司财产始终属于总公司，其经营风险可能通过连带责任传导至整个集团。建议企业通过完善内控制度（如资金审批流程、印章管理）来平衡分公司的灵活性与风险管控。