​​就业协议本身通常不会直接影响毕业，但若因协议纠纷处理不当或未按学校要求完成相关手续，可能间接干扰毕业进程。​​ 关键在于是否妥善履行协议义务以及学校的政策要求。

1. ​​协议性质与毕业的直接关系​​
   就业协议是毕业生、用人单位和学校三方关于就业意向的约定，主要用于规范就业流程（如档案派遣、户口迁移）。​​学业完成度（学分、论文答辩）才是毕业的核心条件​​，协议本身不纳入学术考核。但部分学校可能将协议签订作为毕业手续的前置条件，未完成可能影响离校流程。

2. ​​纠纷的潜在间接影响​​
   若因协议条款争议（如违约金、岗位变更）引发长期纠纷，可能导致学生情绪压力或时间冲突，​​分散学业精力​​，进而影响论文进度或答辩表现。用人单位若因违约问题向学校反馈，可能触发校方介入协调，拖延毕业手续办理。

3. ​​学校政策的差异性​​
   部分高校将就业率统计与毕业管理挂钩，​​未签订协议可能影响就业证明提交​​，导致无法及时领取毕业证。而另一些学校仅将协议视为辅助材料，不影响学位授予。需提前了解本校具体规定。

4. ​​档案与户籍迁移的关联性​​
   协议中约定的用人单位接收档案和户籍，​​若未妥善处理可能导致毕业时档案滞留或迁移受阻​​，但可通过申请暂缓派遣或回原籍等方式解决，通常不直接阻碍毕业资格。

​​提示：​​ 毕业生应优先确保学业达标，同时主动与学校沟通协议要求。若遇协议纠纷，及时通过法律或校方渠道解决，避免因小失大。