加班费仅按基本工资计算是否合法取决于具体约定和实际工资构成。根据《劳动法》规定，加班费计算基数应以劳动合同约定的工资或实际发放的工资为准，若劳动合同或企业规章制度明确约定以基本工资为基数且不低于最低工资标准，可能合法；但若实际工资包含固定绩效、津贴等，仅按基本工资计算则涉嫌违法。

关键要点解析

1. 法律依据与计算基数
   根据《劳动法》第四十四条，加班费的计算基数为劳动者“正常工作时间工资”。若劳动合同中明确约定了工资结构（如基本工资+绩效+补贴），且未特别说明加班费基数，则应以实际发放的月平均工资作为计算标准。若企业仅按基本工资计算，可能违反“同工同酬”原则，需承担补足差额的责任。

2. 常见违法情形

   • 未覆盖全部固定收入：如员工每月固定领取岗位津贴、交通补贴等，但企业仅以基本工资为基数计算加班费，属于克扣劳动报酬。
   • 低于最低工资标准：若基本工资低于当地最低工资标准，以此计算的加班费必然违法。
   • 合同条款模糊：劳动合同中未明确约定加班费基数，或约定“以基本工资为准”但实际工资远高于基本工资的，可能被判定无效。

3. 合法合规的操作建议

   • 明确合同条款：在劳动合同或规章制度中清晰约定加班费计算基数，建议采用“月工资总额”或“基本工资+固定补贴”等表述。
   • 分层计算法：对综合工时制或不定时工时制员工，可参考行业标准或集体合同约定基数，避免争议。
   • 定期合规审查：企业需定期核对工资结构，确保加班费基数不低于实际工资的70%（部分地区司法实践中的参考比例）。

**与注意事项

若企业长期以基本工资为基数发放加班费，劳动者可通过以下步骤**：

1. 保留工资条、考勤记录等证据；
2. 与企业协商要求补发差额；
3. 向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结：加班费计算需严格遵循劳动合同约定和实际工资构成，企业不可单方面降低基数。劳动者若遭遇不合理扣减，应及时通过法律途径维护权益，避免因时效问题丧失追偿权利。