个人账户发工资被查的主要原因是‌涉嫌偷逃个税或社保‌，企业通过私人转账支付工资属于‌违法行为‌，可能面临‌补税、罚款甚至刑事责任‌。关键风险点包括：‌资金流水异常触发监管预警‌、‌员工举报或离职纠纷引发稽查‌、‌银行大额交易上报反洗钱系统‌等。

1. ‌法律风险明确‌
   《个人所得税法》规定工资薪金必须依法申报，企业若通过个人账户发放工资且未代扣个税，构成偷税行为。根据《税收征管法》，查实后需补缴税款+0.5-3倍罚款，金额超10万元可能移送公安机关。

2. ‌稽查手段升级‌
   税务部门通过金税四期系统比对企业的‌银行流水、社保缴纳基数、个税申报数据‌，三者明显不符时自动预警。2024年起，央行要求个人账户单日5万元以上转账需上报，频繁小额拆分发放同样会被识别。

3. ‌连带责任不可忽视‌
   涉事企业主个人账户若长期用于发工资，可能被认定为"公私财产混同"，面临民事债务连带责任。员工虽短期获益，但后续被要求补税时往往与企业产生纠纷，最终仍需自行承担滞纳金。

4. ‌合规替代方案‌
   建议企业开通对公账户发放工资，使用‌数字人民币工资代发‌或第三方薪酬平台，系统自动完成个税预扣。灵活用工可签订劳务合同并代开发票，零散报酬通过"经营所得"申报更安全。

发现历史违规应主动向税务机关提交《自查报告》，补申报可减免部分罚款。核心原则：‌资金流、发票流、合同流必须一致‌，任何环节脱离监管都会放大风险。