公司通过财务个人账户发放工资的合法性需结合具体情况判断，主要分为以下四点：

1. 合法性基础

   根据《工资支付暂行规定》第六条，企业应以公司账户支付工资，但若因特殊原因（如公户不便、代发需求等）使用个人账户，并符合财务流程及税务申报要求，可视为合法。

2. 税务风险

   • 若通过个人账户发放工资且未依法申报纳税，可能面临偷税漏税风险，税务机关可追溯资金流向并处罚款。

   • 个人账户发放的工资无法作为税前扣除凭证，可能影响企业成本核算。

3. 法律与经营风险

   • 长期使用个人账户可能导致公司财产与股东财产混同，股东可能承担连带责任。

   • 若存在规避社保、少缴税款等行为，可能触发刑事责任（如职务侵占）或行政责任。

4. 操作规范要求

   • 需与员工签订书面协议，明确工资发放方式及税务处理责任。

   • 发放后需保留员工签字的工资单、银行转账凭证等备查材料。

总结 ：该行为在合规操作下不违法，但存在税务、经营及法律风险，建议优先选择公司账户发放工资，并确保所有流程符合财务与税务规定。