公司多申报个税工资的处理方式需根据具体情况采取相应措施，具体如下：

一、处理原则

1. 以税务系统为准 ：若申报数据无错误，需以个税系统金额调整工资表；若存在系统差异，需联系税务局核实。

2. 区分是否偷税 ：若企业未代扣代缴或故意虚报工资以降低税负，则可能构成偷税，需依法举报。

二、处理流程

1. 内部协调调整

   • 联系公司财务部门，要求调账并重新申报。

   • 若涉及多缴税款，可通过个人所得税APP或税务大厅申请更正申报。

2. 提交申诉或举报

   • 若公司拒不配合更正，可向税务局提交申诉，提供工资条、申报记录、银行流水等证据。

   • 向12366纳税服务平台或当地税务局举报虚假申报行为。

3. 税务处理与退税

   • 多缴税款可通过汇算清缴时更正申报或申请退税，需携带公章、身份证、申报表等材料至税局办理。

   • 若税款已缴纳且需抵扣，可记录多缴金额并在次月申报时备注说明。

三、注意事项

• 避免影响信用 ：频繁申诉可能影响个人纳税信用评级，建议优先通过内部调整解决。

• 保留证据 ：工资条、银行流水、申报记录等均为重要证据，需妥善保存以备后续使用。

通过以上步骤，可有效处理公司多申报个税工资问题，同时保障自身权益。