公司员工未申报个税的处理方式需根据责任主体不同而有所区别，具体如下：

一、员工个人责任

1. 补缴与罚款

   若员工未按时申报，需自行向税务机关补缴税款，并可能被加收滞纳金。根据《税收征管法》第六十三条，伪造、变造申报资料等行为将面临罚款。

2. 信用影响

   逾期申报或虚假申报会记录个人信用，可能影响购房、**等金融活动。

二、企业责任

1. 税务处罚

   企业作为扣缴义务人未履行申报义务，税务机关将责令限期改正，可处2000元以下罚款；若导致国家税收损失，将追缴欠税并加收罚款，情节严重者罚款可达1万元以上。

2. 社保与信誉影响

   未申报个税可能导致员工社保中断，同时企业也会被列入税务不良记录，影响商业信誉。

3. 追责措施

   税务机关可追缴欠税及滞纳金，构成逃税的企业及相关责任人可能面临刑事处罚。

三、处理建议

• 员工层面 ：及时与税务机关沟通补缴，保留工资流水等证明材料。

• 企业层面 ：主动配合补缴税款，完善内部申报流程，避免后续风险。

若双方协商无果，可通过劳动仲裁或法律途径解决。