针对公司虚报工资1000元的情况，处理方式需根据虚报行为是否涉及税务违法或劳动权益受损分情况讨论，具体如下：

一、税务处理（若涉及逃税）

若虚报工资导致少缴税款且数额较大（通常指占应纳税额10%以上），可能构成逃税罪：

1. 刑事责任 ：处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；

2. 行政处罚 ：补缴税款、滞纳金后，可免于刑事处罚。

二、劳动权益保护

若虚报工资仅影响员工个人工资，可通过以下途径**：

1. 内部沟通 ：要求公司补发差额工资；

2. 劳动监察投诉 ：向劳动监察部门举报，要求责令改正并可能获得赔偿（差额工资50%-100%）；

3. 劳动仲裁 ：对仲裁结果不服可向法院起诉，要求支付实际工资及社保等额外损失。

三、司法惩戒

在涉及农民工工资虚报案件中，若存在编造事实或非法手段，可能面临以下处罚：

1. 对个人 ：训诫、罚款1000元；

2. 对单位 ：罚款5万元。

四、注意事项

• 证据收集 ：需保留工资条、银行转账记录等证明实际工资的凭证；

• 时效性 ：劳动仲裁申请时效为1年，诉讼时效为3年。

建议优先通过劳动监察部门处理，若涉及税务问题可向税务机关举报。