根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，3个月工资一次性发放的扣税问题需结合具体金额和操作规范性分析，具体如下：

一、扣税合法性分析

1. 操作规范性要求

   • 分月预扣 ：财务应每月单独计算工资薪金所得，按次预扣个税，不可将3个月工资合并计算。若合并操作导致应纳税所得额虚增，可能涉及偷税风险。

   • 累计预扣法 ：若3个月工资总额超过15000元（即5000元/月×3月），需按累计所得计算应纳税额，超出部分适用超额累进税率。

2. 起征点与税负影响

   • 单月工资未达5000元起征点时，即使3个月合并发放，当月也不需缴税。

   • 若合并后月收入超过起征点，需按实际金额计算税额，可能因税率跨档导致多扣税。

二、处理建议

1. 核查扣税依据

   • 检查工资明细，确认是否按分月预扣规则操作，或是否存在合并计算的情况。

   • 若发现多扣税，可向税务机关举报，要求追回税款并处罚相关责任人。

2. 协商与申诉渠道

   • 与单位协商调整发放方式（如分月发放），以降低税负。

   • 若涉及工资拖欠导致的扣税争议，可向劳动部门投诉。

三、注意事项

• 年度汇算清缴 ：即使当月多扣税，可通过年度汇算调整，多退少补。

• 专项扣除影响 ：若存在五险一金、专项附加扣除等，需在计算应纳税所得额时扣除。

3个月工资合并发放的扣税行为本身不违法，但需严格遵循分月预扣规则。若操作不规范导致多扣税，可通过合法途径维护权益。