代发工资的个税申报责任主体需根据工资支付方与扣缴义务人的关系确定，具体如下：

1. 一般原则

   由实际支付工资的单位或个人作为扣缴义务人，负责申报代扣代缴个人所得税。若甲方代发工资，甲方即为扣缴义务人。

2. 分包单位代发工资的特殊情况

   在工程建设领域，若分包单位负责代发农民工工资，根据《保障农民工工资支付条例》规定， 分包单位需承担代扣代缴个税的责任 。此时，分包单位既是工资支付方，也是扣缴义务人。

3. 代发方与申报责任的关系

   • 若代发方仅负责资金收付（如平台或第三方代发），而工资金额、发放对象由实际用人单位决定，则实际用人单位为扣缴义务人。

   • 若代发方同时掌握工资发放权（如劳务公司代发工资），则代发方需承担申报责任。

4. 法律依据

   根据《个人所得税法》第九条，扣缴义务人包括支付所得的单位或个人。国税函发602号文件也明确了扣缴义务人的认定标准。

总结 ：代发工资个税申报责任主体需结合具体业务模式判断。若甲方代发且无其他支付权，则甲方负责申报；若分包单位代发工资，则分包单位承担申报责任。