根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，迟到扣100元是否违法需分情况讨论：

一、一般情况违法

1. 无权罚款

   企业无权对员工进行罚款，只有行政机关才具备处罚权。企业可拒绝支付因迟到造成的损失，但需通过合法途径处理。

2. 扣款比例限制

   若需扣款，每月扣除金额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后不得低于当地最低工资标准。

二、特殊情况下可能合法

1. 造成经济损失

   若员工迟到导致用人单位直接经济损失（如客户流失、设备损坏等），且劳动合同或规章制度有明确约定，可按约定扣除相应工资，但需符合比例限制。

2. 严重违纪情形

   对于屡教不改、严重违反单位规章制度的员工，用人单位可依法解除劳动合同，但解除后不得扣工资。

三、注意事项

• 企业规章制度需合法合规，明显加重员工责任的规定无效。

• 建议通过协商、警告、记过等行政手段管理，避免直接经济处罚。

迟到扣100元通常违法，除非符合特定条件且程序合法。