​​总公司中标后由分公司开票是否合法，取决于合同约定、税务授权及行业性质。​​ ​​关键点包括：建筑行业可通过三方协议授权分公司开票，其他行业需明确合同条款或补充协议；若缺乏授权或违规操作，可能引发税务风险和法律纠纷。​​

在建筑行业，根据国家税务总局2017年第11号公告，总公司中标后可通过内部授权或三方协议，授权分公司直接开票并结算工程款，此时分公司需独立缴纳增值税。这种模式常见于跨地区项目，既满足资质要求又实现独立核算。但若分公司未获授权或超越权限开票，可能被认定为虚开发票，面临税务处罚。

对于非建筑行业，需通过合同明确分公司开票权限或签订三方协议。例如，保险公司调解项目中若合同约定分公司开票收款，或通过补充协议追认，则操作合法。但若总公司单方面要求分公司开票而无合同依据，可能因“三流不一致”（合同、发票、资金流向不统一）被税务部门质疑。

需特别注意资质问题。分公司若无独立法人资格或超出总公司授权范围开票，可能被认定为违法分包或挂靠。例如，某建筑公司因分公司无资质施工导致事故，总公司需承担连带赔偿责任。虚开发票风险在总分机构间尤为突出，若总公司未参与实际业务却开具发票，可能构成刑事犯罪。

合规操作的核心在于“授权明确、业务真实、三流一致”。建议企业通过书面协议固化总分机构权责，确保开票主体与履约主体一致，必要时咨询专业机构规避风险。