审计署特派办与审计厅是我国审计监督体系中的两大关键机构，前者隶属国家审计署垂直管理，后者为省级政府组成部门，两者在职能上既分工明确又协同互补，共同构建起覆盖中央与地方的全方位审计网络。

1. 隶属关系与职责划分
   审计署特派办由国家审计署直接设立并管理，负责特定区域或行业的中央预算执行、重大政策落实等审计工作，例如对央企、金融机构的专项审计；审计厅则隶属于省级政府，主要监督地方财政收支、省级项目及地方性法规执行情况，两者形成中央与地方的层级化监管体系。

2. 协作机制与资源整合
   在跨区域或重大项目中，两者常联合行动，如审计署特派办可借助审计厅的地方数据支持，而审计厅通过特派办获取中央政策指导，实现信息共享与业务协同。例如，对环保专项资金审计时，特派办负责国家层面资金流向，审计厅聚焦地方配套资金使用，形成监管闭环。

3. 独立性与监督互补
   特派办的垂直管理机制赋予其更强的独立性，能有效避免地方干预，侧重中央政策执行效果的客观评估；审计厅则熟悉地方实情，更擅长发现区域性风险。两者的交叉审计与结果互认机制，提升了问题整改效率，例如在扶贫审计中，双方通过数据比对可快速锁定虚报冒领等违规行为。

审计工作中，需注意两者权责边界，地方重大项目若涉及中央资金，通常由特派办主导；纯地方性事务则由审计厅主责。建议公众及企业配合审计时，明确对接机构层级，确保材料提交的准确性与时效性。