小规模纳税人开具增值税专用发票（专票）时，会计分录需通过"应收账款""主营业务收入"和"应交税费"科目核算，关键步骤包括确认收入、计提税款和实际缴纳税款。

1. 收入确认与开票处理
   开具专票时，按价税分离原则记账：借记"应收账款"或"银行存款"（含税金额），贷记"主营业务收入"（不含税金额）和"应交税费——应交增值税"（税款部分）。例如，销售商品含税价10.3万元（征收率3%），收入记为10万元，税款0.3万元。

2. 税款缴纳环节
   实际缴纳税款时，借记"应交税费——应交增值税"，贷记"银行存款"，完成税务清算。注意小规模纳税人不得抵扣进项税额，需按简易计税方法处理。

3. 与普通发票的差异
   专票与普票的会计分录基本一致，但专票可被一般纳税人抵扣，因此需确保开票信息准确。小规模纳税人通常自开或由税务机关代开专票，需提前完成开票资质申请和设备配置。

掌握上述分录逻辑，可规范处理小规模纳税人专票业务，同时需注意税务申报与实际开票的一致性，避免合规风险。