公司开出发票已经进账的做账流程主要包括确认收入、记录应收账款、结转成本以及税务处理等关键步骤。以下是详细的操作步骤和注意事项：

1. 1.确认收入：当公司开出发票并且款项已经进账时，首先需要确认收入。根据会计准则，收入应在满足以下条件时确认：企业已将商品或服务的控制权转移给客户；相关的经济利益很可能流入企业；以及能够可靠地计量收入金额。在财务软件中，通过“应收账款”科目进行核算，确保发票金额与进账金额一致。
2. 2.记录应收账款：在确认收入的需要记录应收账款。借记“银行存款”科目，贷记“应收账款”科目。这一步骤确保了公司账目中应收账款的减少和银行存款的增加。如果存在预收账款的情况，则需要先冲减预收账款，剩余部分再确认为当期收入。
3. 3.结转成本：确认收入后，需要结转相应的成本。根据配比原则，收入的确认应与相关的成本相匹配。借记“主营业务成本”科目，贷记“库存商品”或“劳务成本”科目。如果涉及到多个项目或产品，需要分别核算各项目的成本，确保成本分配的准确性。
4. 4.税务处理：收入确认后，需要进行相应的税务处理。根据税法规定，企业需要按期申报增值税、企业所得税等税种。在增值税方面，企业需根据发票金额计算销项税额，并进行申报。企业所得税方面，收入确认后，需计算应纳税所得额，并按规定税率缴纳企业所得税。确保税务申报的及时性和准确性，避免税务风险。
5. 5.核对与调整：在完成上述步骤后，需要进行账目的核对与调整。检查所有相关科目是否准确无误，确保账实相符。定期进行账目分析，识别潜在的财务风险和优化空间。例如，分析应收账款周转率、收入成本比率等指标，评估公司的财务状况。

公司开出发票并且款项已经进账后，做账流程需要严格按照会计准则和税法规定进行操作。通过确认收入、记录应收账款、结转成本以及税务处理等步骤，确保账目的准确性和合规性。定期的核对与调整有助于公司财务管理的持续优化，提升整体运营效率。