员工擅自离职的后果主要涉及法律赔偿、劳动关系处理及个人职业影响等方面，具体如下：

一、法律赔偿与责任承担

1. 经济赔偿

   需赔偿用人单位招录费用、培训费用、直接经济损失等，具体金额需结合实际损失及因果关系确定。

   • 若劳动合同有违约金条款，可能需支付违约金。

2. 连带赔偿责任

   若用人单位因员工离职遭受第三方损失（如招用未解除合同的劳动者），员工需与用人单位共同承担连带责任。

二、劳动关系处理

1. 效力待定状态

   擅自离职后，劳动关系未正式解除，仍可能被认定为旷工或违法解除，需依法办理解除手续。

2. 单位处理方式

   • 可以按旷工处理，严重者依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同；

   • 需书面通知员工并办理交接，否则可能面临法律纠纷。

三、个人职业影响

1. 声誉损害

   擅自离职可能被新雇主视为不稳定因素，影响职业发展。

2. 社保与离职证明问题

   未完成离职手续可能导致社保中断、无法开具正式离职证明，甚至影响后续就业。

四、注意事项

• 赔偿扣除限制 ：若从工资中扣除赔偿，每月不得超过当月工资的20%，且不低于最低工资标准；

• 协商与证据 ：建议通过书面协议明确赔偿范围，保留相关证据以备争议。

以上内容综合了《劳动合同法》及相关法律规定，具体处理需结合实际情况与合同约定。