公司让员工签自愿加班协议通常不合法。根据我国《劳动法》第41条，用人单位由于生产经营需要，可以与工会和劳动者协商延长工作时间，但每日不得超过1小时，特殊情况下不得超过3小时，且每月不得超过36小时。即使员工签署了自愿加班协议，若超出法定时限或未依法支付加班费，协议仍属无效。

具体分析

1. 自愿加班协议的法律效力
   根据《劳动法》第18条，违反法律、行政法规的劳动合同属无效合同，无效合同自订立起就没有法律约束力。即使员工自愿签署，超时加班或未支付加班费的协议均无效。

2. 加班时间限制
   《劳动法》第41条规定，加班需在法定范围内，并需保障劳动者身体健康。如果协议中约定的加班时间超过每日3小时或每月36小时，则违反法律规定。

3. 加班费支付义务
   《劳动合同法》第31条规定，用人单位安排加班应支付加班费。若协议中免除加班费，则属于免除用人单位法定责任，侵害劳动者权益，应认定无效。

4. 实际案例支持
   某公司因要求员工签署超时加班协议被劳动监察部门处罚，法院明确指出，即使员工自愿，超时加班也属违法。

提示

员工应提高法律意识，对超时加班或免除加班费的协议保持警惕，必要时可向劳动监察部门投诉或申请法律援助，维护自身合法权益。