旷工一天扣三天底薪不合法。虽然用人单位可以扣发旷工当天的工资，但额外扣除两天工资缺乏法律依据，通常会被认定为无效。

具体分析：

1. 法律依据
   根据《工资支付暂行规定》第十五条和第十六条，用人单位可以扣除劳动者旷工当天的工资，但不得随意扣发超出实际损失的金额。如果用人单位规定旷工一天扣三天工资，属于超出了法律允许的范围。

2. 司法实践
   晋江市人民法院（2014）晋民初字第7437号民事判决明确指出，用人单位规定“旷工一天扣三天工资”没有法律依据，属于违法条款。

3. 经济损失的赔偿
   用人单位若因劳动者旷工造成经济损失，可以要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

4. 替代方案
   企业可以通过绩效奖金、全勤奖等方式管理员工出勤，而非直接扣发工资。例如，旷工一天可取消当月全勤奖，以规避法律风险。

总结与提示：

旷工一天扣三天底薪不仅违法，还可能引发劳动争议。用人单位应合理制定规章制度，确保扣薪行为符合法律规定，同时避免因管理不当导致员工**。