两家公司为同一员工发放工资是否会被查到，主要取决于公司关系、财务规范及员工行为等因素，具体分析如下：

一、通常不会被查到的情况

1. 独立运营且无关联

   若两家公司无业务合作或关联关系，财务系统独立，且员工未向对方透露银行账户信息，则双方通常不会互相知晓工资发放情况。

2. 税务合规操作

   双方均依法申报工资、缴纳社保及税费，且工资发放时间、金额无异常，税务系统不会因重复申报而触发调查。

二、可能被查到的情况

1. 存在关联关系

   若两家公司同属集团或存在业务合作，财务数据可能共享，或员工在劳动合同中约定披露工资信息，此时可能被关联方发现。

2. 违规操作或信息泄露

   • 一方通过银行流水、税务申报等渠道发现异常收入；

   • 员工主动或因疏忽向对方提供银行账户信息。

三、法律依据与风险提示

• 《劳动合同法》第三十九条规定，同时与两家公司建立劳动关系可能被解除合同，但未直接涉及工资发放的监管；

• 税务部门可通过个税申报记录核查重复收入，但需结合其他证据判断是否为违规行为。

建议 ：若涉及多份工作，建议与雇主明确约定工资发放方式，避免信息泄露；同时确保自身税务申报合规，以降低风险。