小规模纳税人适用3%征收率减按1%进行增值税征收时，会计分录处理需遵循以下步骤：

1. 销售时的会计分录

• 借：应收账款（或其他相关科目，如银行存款）
• 贷：主营业务收入（不含税销售额）
• 贷：应交税费——应交增值税（1%的增值税额）

例如，含税销售额为103元，不含税销售额为102元，增值税额为1元，则分录为：

• 借：应收账款 103
• 贷：主营业务收入 102
• 贷：应交税费——应交增值税 1

2. 减免税额的会计分录

• 借：应交税费——应交增值税（减免的2%增值税额）
• 贷：营业外收入——增值税减免

例如，减免的增值税额为2元，则分录为：

• 借：应交税费——应交增值税 2
• 贷：营业外收入——增值税减免 2

3. 季度销售额未超过45万元的处理

如果季度销售额未超过45万元，小规模纳税人可免征增值税，无需缴纳增值税，会计分录为：

• 借：营业外收入——增值税减免
• 贷：应交税费——应交增值税

4. 注意事项

• 减免的2%增值税额需计入“营业外收入”科目，而非直接减免。
• 确保账务处理符合税务政策要求，以便于后续税务申报和核算。

通过以上分录处理，企业能够清晰反映增值税减按1%的税收优惠，同时便于财务管理和税务合规。