契税总房款比合同金额低的原因通常与契税优惠政策、计税依据调整以及避税行为等因素有关。以下分点详细说明：

1. 契税优惠政策

契税优惠政策是导致契税总房款低于合同金额的主要原因之一。例如，对于购买首套房的家庭，契税税率通常较低，部分地区甚至可享受1%的优惠税率。如果房屋面积或总价符合当地政府的优惠政策标准，契税金额会相应减少。

2. 计税依据调整

契税的计税依据可能因地区政策不同而有所调整。例如，某些地区允许按照房屋的评估价或政府指导价作为计税依据，而非合同成交价。如果评估价低于合同价，契税金额也会随之降低。

3. 避税行为

部分购房者或卖方可能通过签订“阴阳合同”来规避高税率。这种做法通常表现为签订两份合同：一份用于过户登记的低价合同（对内），另一份则是实际成交价的合同（对外）。低价合同用于缴税，从而减少契税支出。这种行为存在法律风险，可能导致合同无效或引发纠纷。

总结

契税总房款低于合同金额的原因主要包括契税优惠政策、计税依据调整以及可能的避税行为。购房者需了解当地政策，避免因不当操作产生法律风险，同时合理利用政策优惠以降低契税负担。