员工上12小时班但长期迟到被辞退，是否需要赔偿，取决于迟到行为是否构成“严重违反规章制度”。若公司制度明确将频繁迟到列为严重违纪，且经过合法程序（如公示、警告），则辞退无需赔偿；反之，若制度未明确或程序不合法，员工可主张经济补偿。

关键分析要点

1. 规章制度合法性
   公司需在《员工手册》等文件中明确规定迟到次数、时长等量化标准，并经过民主程序（如职工讨论）和公示。例如，规定“每月迟到超5次视为严重违纪”且员工签字确认，则辞退合法。

2. 行为严重性判定
   长期迟到（如入职58天迟到21次）且屡次警告无效，通常被认定为严重违纪，公司可依据《劳动合同法》第39条解除合同且不赔偿。但偶发轻微迟到（如每月1-2次）不构成辞退理由。

3. 程序合规性
   辞退前需固定证据（考勤记录、书面警告），履行通知工会等程序。若未提前警告或证据不足，可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（2N）。

4. 特殊工时制影响
   12小时工作制若未经劳动部门审批或违反《劳动法》工时规定，员工可主张制度无效，从而质疑辞退合法性，但需另行法律途径解决。

总结建议

员工应核对公司制度是否合法合规，若辞退争议可申请劳动仲裁；企业需完善制度流程，避免因程序瑕疵承担赔偿风险。