直接回答： 对员工罚款1000元通常不合法。

1. 劳动法规定

根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位不得随意对员工进行罚款。这些法律规定旨在保护员工的合法权益，确保他们不会受到不公平的待遇。

2. 罚款的合法性

在劳动关系中，罚款通常被视为对员工的一种惩罚措施。根据劳动法的规定，只有当员工违反了用人单位的规章制度，并且这些规章制度是合法且合理的，用人单位才可以对员工进行一定的处罚。但是，这种处罚应该与员工的过错程度相匹配，并且不能超过一定的限度。

3. 罚款的金额限制

根据劳动法的规定，用人单位对员工的罚款金额通常受到一定的限制。罚款金额应该与员工的过错程度和给用人单位造成的损失相匹配。如果罚款金额过高，就可能被视为对员工的不公平待遇，从而违反了劳动法的规定。

4. 员工的申诉权利

如果员工认为用人单位对自己的罚款是不合法或不公平的，他们有权向劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会提出申诉。这些机构会根据劳动法的规定对用人单位的罚款行为进行审查，并作出相应的裁决。

总结

对员工罚款1000元通常不合法。用人单位应该遵守劳动法的规定，确保对员工的处罚是合法、合理且与员工的过错程度相匹配的。如果员工对罚款有异议，他们有权提出申诉，以维护自己的合法权益。