公司罚款1000元是否违法，取决于‌罚款依据是否合法、金额是否合理、程序是否合规‌。若企业无合法制度依据、罚款金额超过法定标准或未履行民主公示流程，则可能构成违法。

1. ‌罚款必须有合法依据‌
   公司对员工实施经济处罚，需符合《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》要求。仅当员工因重大过失或故意行为导致公司直接经济损失时，企业可在劳动合同或规章制度中约定赔偿条款，且扣除金额不得超过月工资的20%。例如，员工因违规操作损坏设备，公司可依法索赔，但需举证实际损失。

2. ‌金额合理性影响合法性‌
   1000元罚款是否合法需结合工资水平判定。若员工月薪低于5000元，罚款1000元已超过20%上限（即1000元），属于违法克扣工资；若月薪高于5000元且企业能证明实际损失≥1000元，则可能被认可。罚款后员工实发工资不得低于当地最低工资标准，否则企业需补足差额。

3. ‌程序合法性决定有效性‌
   企业需通过民主程序制定包含罚款条款的规章制度，并向员工公示或告知。例如，经职工代表大会讨论通过并写入员工手册。若未履行民主协商或未有效告知，即便员工存在过错，罚款行为仍属无效。罚款不能代替正常工资发放，需单独列明扣款事由。

若遭遇不合理罚款，员工可向企业提出异议，要求出示处罚依据；协商无果可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张返还超额罚款。企业则应完善内部管理制度，避免以罚代管，确保处罚行为符合法律框架，降低用工风险。