‌公司罚款扣工资1000元是否合法，需根据具体情况判断：若劳动合同或规章制度明确约定罚款条款，且金额未超过月工资的20%或导致实发工资低于当地最低标准，则可能合法；否则涉嫌违法。‌

‌一、合法罚款须满足特定前提‌
用人单位对员工罚款需基于合法有效的内部规章制度，且内容不得违反法律强制性规定。例如，制度需经民主程序制定并向员工公示，明确列举可罚款的行为及标准。若企业仅凭口头要求或未依法制定的条款扣薪，则属无效。

‌二、罚款金额受双重限制‌
根据《工资支付暂行规定》，因员工过错造成经济损失的赔偿，每月扣除金额不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，某员工月薪6000元，若企业罚款1000元（占比16.7%），且扣除后实发工资不低于最低标准（假设为2000元），则合法；反之则违法。

‌三、员工**路径‌
若企业违规扣款，劳动者可向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼。仲裁时需提供工资条、劳动合同、罚款通知等证据，主张返还超额扣除部分。对于未依法制定规章制度的罚款，劳动者可直接主张全额返还。

‌四、常见误区需警惕‌

1. ‌“企业有权自主处罚”‌：企业处罚权仅限于法律框架内，不得创设超出法定范围的罚款权；
2. ‌“损失可全额扣薪”‌：即使员工造成经济损失，企业也需通过仲裁或诉讼追偿，不能直接扣光工资。

劳动者遇不合理扣薪时，应保留证据并主动**；企业应确保制度合法，避免因不当罚款引发法律风险。