旷工一天扣三天工资的规定通常是不合法的，因为其超出了法律允许的范围，属于对劳动者权益的侵害。以下从法律依据、实际判例及合法处理方式三个方面进行详细分析。

1. 法律依据

根据《工资支付暂行规定》第十五条和第十六条的规定，用人单位可以在以下情况下扣除劳动者工资：

• 因劳动者本人原因未提供正常劳动，用人单位可以不支付旷工当天的工资；
• 因劳动者原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。

用人单位无权对劳动者进行罚款，罚款属于行政处罚手段，只有国家机关在法定权限内才能实施。扣除劳动者多天工资的行为缺乏法律依据，常被视为无效条款。

2. 实际判例

司法实践中，多数判决支持劳动者权益，认定“旷工一天扣三天工资”属于不合法条款。例如：

• 佛山市南海区人民法院判决认为，用人单位按“旷工一天扣三天工资”的规定扣发工资缺乏法律依据；
• 上海市黄浦区人民法院也指出，此类扣款方式不合理，应按实际旷工天数扣除工资。

尽管如此，部分特殊情况下，若用人单位能够证明旷工行为导致实际经济损失，并通过合法程序计算损失，则可能获得法院支持。例如，有案例显示，公司需提供详细的薪酬数据、业务损失证明等，才能依据《工资支付暂行规定》第十六条扣除工资。

3. 合法处理方式

企业若想通过规章制度对旷工行为进行约束，应采取以下合法方式：

• 扣除旷工当天工资：这是法律允许的范围，即“旷一扣一”；
• 取消全勤奖或绩效考核工资：通过工资结构拆分，将一部分工资设置为全勤奖或绩效奖金，旷工时直接扣除这部分工资，而非额外扣款；
• 明确严重违纪后果：如连续旷工达到一定天数，可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同。

4. 总结与提示

“旷工一天扣三天工资”的规定在大多数情况下是不合法的，用人单位应避免此类条款。合法的处理方式包括扣除旷工当天工资、取消全勤奖或绩效考核工资等。用人单位应完善规章制度，确保条款合理且具有法律依据，避免因条款不合规而承担法律风险。

如需进一步了解相关法律条款或处理方式，建议咨询专业法律人士或参考权威法律解读。