“旷工一天扣三天工资”这种做法通常不合法，属于变相克扣工资，违反了《劳动法》中关于劳动报酬权的规定。根据法律规定，用人单位只能按照劳动者实际缺勤时间扣减工资，不得扩大扣款范围。

一、法律依据

1. 《劳动法》第3条明确规定，劳动者享有劳动报酬权，用人单位不得以任何形式侵犯。这意味着扣除工资必须基于实际劳动贡献的减少。
2. 公平原则：法院通常认为，扣除超过实际缺勤时间的工资，属于变相剥夺劳动者报酬权，违反了公平原则。

二、实际判例支持

• 上海市第一中级人民法院曾判决某公司“旷工一天扣三天工资”的规定无效，认为这种做法超出了合理范围，不符合法律规定。
• 北京市康达律师事务所律师指出，这种扣款方式侵犯了劳动者的合法权益，属于违法行为。

三、如何应对不合法扣款

1. 与用人单位协商：员工可以与公司沟通，说明法律规定，要求按照实际旷工天数扣款。
2. 申请劳动仲裁：如协商无果，员工可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，维护自身权益。
3. 举报违法行为：如果用人单位拒绝改正，员工还可以向劳动监察部门举报。

四、总结与提示

用人单位应依法制定规章制度，确保扣款行为合法合规。员工在遇到类似问题时，应积极了解法律，通过合法途径维护自身权益。