科目三预约只能两天的原因主要有以下几点：

1. 预约系统限制 ：交管12123预约考试系统按照前一科目考试时间先后排列，科三考试预约时，系统会将报考人员的科二考试时间进行排序，先考的人能先约上科三。由于一天只有一场考试，不能同时预约两场，所以在预约界面可以选择服从系统安排，这样这一天的考试预约失败系统可以为你安排后一场考试。

2. 留给学员充足的练习时间 ：科三的考试难度相对较低，主要考察细节和安全问题。为了确保学员有足够的时间进行准备和练习，预约系统通常会设定一定的预约间隔，以便学员能够充分准备并熟悉考试流程。

3. 学时问题 ：很多学员的科目三不能约考，往往是因为科目三学时不够，或者学时审核时有些无效学时。学时的审核有一定的程序和规则，如果练车时的照片抓拍异常，或者终端设备故障等，都可能导致学时无效。因此，预约系统需要确保学员有足够的学时才能进行预约。

4. 时间问题 ：驾照考试的预约规则是很严格的，时间不到是不能约考的。例如，申请小车C1驾照的，科目三的约考是在科目一合格后30天才能约考。如果8月1日通过的科目一，那科目三约考就要到8月31日才可以。大车驾照则需要40天才能约考，时间不到，约考肯定失败。

综上所述，科目三预约只能两天主要是为了确保学员有足够的时间进行准备和练习，并且预约系统需要按照一定的规则和顺序进行安排，以维持考试的公平性和有效性。建议学员在预约科目三考试时，提前了解并确认自己的学时情况，以确保能够顺利预约并参加考试。