工程结算审计和竣工决算审计有以下主要区别：
- 定义不同 ：
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工程结算 ：指施工企业按照合同规定的内容全部完成所承包的工程，经验收质量合格，并符合合同要求之后，向发包单位进行的最终工程价款结算。它包括建筑工程费、安装工程费等，并涉及合同价款调整、预付及已结算的工程价款、保修金等内容。
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竣工决算 ：指以实物数量和货币指标为计量单位，综合反映竣工项目从筹建开始到项目竣工交付使用为止的全部建设费用、建设成果和财务状况的总结性文件。它涵盖了从筹集到竣工投产全过程的全部实际费用，包括建筑工程费、安装工程费、设备工器具购置费用、预备费和投资方向调节税等。
- 内容有别 ：
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工程结算 ：工程价款=合同价款+施工过程中合同价款调整数额-预付及已结算的工程价款-保修金。
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竣工决算 ：包括建筑工程费、安装工程费、设备工器具购置费用、预备费和投资方向调节税等费用，即包括从筹集到竣工投产全过程的全部实际费用。
- 用途不同 ：
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工程结算 ：是施工单位向建设单位索取工程报酬的依据，反映的是项目建设阶段的工作成果。
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竣工决算 ：用于正确核算新增固定资产价值，考核分析投资效果，反映综合、全面、完整的项目建设的最终成果。
- 依据的法规各异 ：
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工程结算 ：主要依据财政部、建设部联合发布的《建设工程价款结算暂行办法》。
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竣工决算 ：主要依据财政部发布的《基本建设财务管理规定》。
- 审计的侧重点不同 ：
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工程结算审计 ：主要侧重于工程造价审计，审查施工合同履行情况、工程变更和索赔等内容。
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竣工决算审计 ：是对建设项目办理竣工结算工作的审查，包括对项目建设全过程的费用、投资效果、财务状况等进行全面审计。
- 编制方和审核方不同 ：
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工程结算 ：由施工单位编制，由建设单位委托的造价咨询单位进行审核。
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竣工决算 ：由建设单位编制，由建设单位委托的会计师事务所进行审核。
- 文件性质不同 ：
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工程结算 ：及工程结算审核文件均为造价文件。
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竣工决算 ：及工程竣工决算审核文件均为经济（财务）类文件。
- 反映内容不同 ：
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工程结算 ：反映的是工程建设阶段的工程价款。
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竣工决算 ：反映的是从筹建到竣工投产全过程的全部实际费用和财务状况。
总结：
工程结算审计和竣工决算审计在定义、内容、用途、依据、侧重点、编制方、审核方、文件性质和反映内容等方面均有明显的区别。工程结算审计侧重于工程造价的确定和审核，而竣工决算审计则是对整个项目建设和财务状况的综合审计。