本科院校的专科毕业证不是本科毕业证，两者属于不同学历层次。具体说明如下：

1. 学历层次差异

本科毕业证是完成本科学业后取得的学历证明，属于本科层次；专科毕业证是完成专科学业后取得的学历证明，属于专科层次。两者在学历体系中处于不同等级，存在明显差异。

2. 证书性质不同

本科毕业证上会标注“本科”字样，而专科毕业证上标注“专科”或“高职高专”。证书内容主要反映学生完成的专业学习情况，本科和专科的课程设置、学分要求等均不同。

3. 教育体系内的特殊说明

部分本科高校同时开设专科专业（如“本科院校中的高职专业”），但学生需通过专科阶段的全部课程并取得专科毕业证，完成本科学业后若想继续深造，需通过专升本考试或直接攻读本科课程。

4. 社会认可度

专科学历同样具有社会认可度，可从事中、初级管理、技术及教学工作，但晋升至本科层次需要进一步学习。

总结 ：本科院校的专科专业毕业证属于专科学历，与本科毕业证有本质区别。若需获得本科学历，需通过本科阶段的学习并取得本科毕业证。