继续教育的毕业档案是具有机密性的文件，不应该长时间放在自己手上，因为这样可能导致档案失效或丢失，给未来的生活和工作带来不必要的麻烦。以下是处理继续教育毕业档案的几种方法：

1. 存放在人才市场：毕业后，可以将档案保存在工作地所在的人才市场进行托管存放。如果之前就有人事档案，可以将继续教育档案和之前的人事档案进行合并，然后继续将档案存放在原人事档案存放地。

2. 合并到人事档案：对于已经有工作单位并且单位有人事档案管理权的人来说，可以将新获得的继续教育毕业档案与原有的人事档案合并，然后存放在单位的档案管理部门。

3. 委托第三方档案服务机构：如果人才市场不接收个人手中的档案，可以委托给可靠的第三方档案服务机构的专业人员处理相关存档工作。

4. 存放在户籍地人才服务中心：成人继续教育毕业生档案属于非全日制学籍档案，如果没有固定职业，应将其存放在自己户口全在地的县（区）里的人事局或者是劳动局。

5. 用人单位接收：毕业后，如果找到了具有档案管理部门的单位（如政府机关、国企、事业单位），档案可以直接交给单位的人事部门。

综上所述，继续教育的毕业档案应该根据个人实际情况，选择合适的机构进行存放，并及时办理相关手续，以保证档案的有效性和安全性。