合作医疗缴费截止时间总延期的原因主要有以下几点：

1. 系统调整和数据核对：合作医疗缴费系统在运行过程中需要定期进行系统维护和数据核对，以确保信息的准确性和系统的稳定性。这些工作可能需要一定的时间来完成，因此会导致缴费截止时间的延期。

2. 政策变动和解读：合作医疗政策可能因国家或地方的政策调整而发生变化。政策的变动需要时间来解读、制定实施细则，并传达给相关部门和民众。这可能导致缴费截止时间的调整，以确保政策的顺利实施。

3. 缴费高峰期应对：在合作医疗缴费的高峰期，大量民众集中缴费可能导致系统压力增大，出现网络拥堵、支付失败等问题。为了应对这些情况，相关部门可能会延长缴费时间，以确保更多人能够顺利完成缴费。

4. 特殊情况考虑：一些特殊情况，如自然灾害、公共卫生事件等，可能导致部分民众无法在原定的缴费截止时间前完成缴费。为了保障这部分民众的权益，相关部门可能会延长缴费时间，以提供更多的灵活性。

5. 技术故障和修复：在缴费过程中，可能会出现技术故障或系统漏洞，需要及时修复以确保缴费的顺利进行。这些修复工作可能需要一定的时间来完成，因此会导致缴费截止时间的延期。

总结：合作医疗缴费截止时间的延期可能是由于系统调整、政策变动、缴费高峰期应对、特殊情况考虑以及技术故障修复等多方面因素的综合影响。这些延期是为了确保合作医疗缴费工作的顺利进行，并保障民众的权益。如果您对缴费截止时间有疑问，建议及时关注当地合作医疗管理部门的官方通知和公告。