医保设置3个月等待期的主要原因包括以下几点：

1. 鼓励按时缴费 ：通过设置等待期，可以鼓励人们按时缴纳医保费用，避免断缴现象的发生。这有助于保障医保系统的正常运行和资金的稳定。

2. 防止滥用医保资源 ：等待期的设置可以防止一些人平时不参加医保，却在生病时才匆忙参保，从而确保医保制度的公平性，避免医保资源的滥用。

3. 保障医保基金的长期稳定运行 ：减少断缴和临时参保现象有助于减轻医保基金的负担，确保基金的长期稳定运行。

4. 引导参保 ：等待期可以作为一个引导机制，促使人们在就业期间持续参保，避免因失业或其他原因导致的医保中断。

5. 保护长期参保人员的权益 ：对于长期连续参保的人员，等待期的设置可以防止他们因短期断缴而失去医保待遇，从而保障他们的权益。

6. 防止选择性参保 ：等待期可以防止一些人平时不参保，生病时参保，从而享受其他参保人员的贡献，这对长期参保缴费的人群来说是不公平的。

综上所述，医保设置3个月等待期是为了鼓励按时缴费、防止滥用医保资源、保障医保基金的长期稳定运行、引导参保以及保护长期参保人员的权益。这一政策在多个政策文件中得到明确和支持。