总包代发工资的个税申报由分包公司负责，总包方仅需代发工资并留存相关凭证。具体操作流程如下：

一、申报主体与责任划分

1. 分包公司代扣代缴

   根据《个人所得税法》规定，支付所得的单位和个人为扣缴义务人。总包方代发工资时，分包公司需对农民工的应发工资计算个税并代扣代缴。

2. 总包方协助义务

   总包方需提供工资明细表（含应发工资、个税计算金额），并代付实发工资。代发后需向分包方提供银行流水清单作为凭证。

二、账务处理流程

1. 总包方账务处理

   • 收到分包发票 ：借：工程施工-合同成本-分包工程费用，应交税费-应交增值税（进项税额），贷：应付账款-分包公司

   • 代发工资 ：借：应付账款-分包公司，贷：银行存款（实际代发金额）

2. 分包方账务处理

   • 计提工资及个税 ：

     借：工程施工-合同成本-人工费（应发工资），

     贷：应付职工薪酬-工资（应发工资），

     应交税费-应交个人所得税（按应发工资×适用税率）

   • 冲抵应收款 ：

     借：应付职工薪酬-工资，

     贷：应收账款-总包公司（实发工资）

三、税务风险提示

• 协议明确责任 ：总包与分包需签订《工资代发协议》，明确个税申报责任由分包承担，总包仅履行代付义务。

• 数据准确性 ：分包方需确保工资明细表中的“应发工资”与总包代发金额匹配，避免因数据错误导致申报问题。

四、注意事项

• 申报时效 ：分包方需在工资发放后通过自然人电子税务局申报个税，总包方无需重复申报。

• 特殊情况处理 ：若工资表未明确区分应发与实发工资，总包方可按实发金额代发，分包方需反算税前工资进行申报。

通过以上流程，可确保个税合规申报，同时降低企业税务风险。