调休扣三倍工资是否合法需要根据具体情况进行分析，主要取决于调休的性质、公司的规章制度以及相关劳动法的规定。以下是几个关键点来帮助理解这个问题：

1. 1.调休的性质：法定节假日调休：如果调休是在法定节假日期间进行的，根据《中华人民共和国劳动法》的规定，法定节假日安排劳动者工作的，企业应当支付不低于工资的300%的工资报酬。在这种情况下，企业如果安排调休而不支付三倍工资是不合法的。普通休息日调休：对于普通休息日的调休，企业可以根据实际情况进行安排。如果企业安排员工在休息日工作，可以选择安排补休或者支付不低于工资的200%的工资报酬。在这种情况下，企业可以选择调休而不支付双倍工资。
2. 2.公司的规章制度：劳动合同与公司政策：调休是否扣三倍工资还取决于公司与员工签订的劳动合同以及公司内部的规章制度。如果劳动合同或公司政策中明确规定了调休期间的工资支付标准，那么应当按照合同或政策执行。例如，有些公司可能在合同中约定调休期间不支付额外工资。协商一致：如果调休安排是经过员工与企业协商一致的结果，并且双方同意不支付额外工资，那么这种安排也是合法的。关键在于双方是否达成共识。
3. 3.劳动法的相关规定：加班工资规定：根据《中华人民共和国劳动法》，用人单位安排劳动者在法定节假日工作的，应当支付不低于工资的300%的工资报酬；在休息日工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬。调休是否扣三倍工资需要根据具体的工作日性质来判断。地方性法规：不同地区可能还会有一些地方性的劳动法规或政策，对调休和工资支付有更详细的规定。例如，一些地方可能对调休期间的工资支付有更严格的要求。
4. 4.实际操作中的注意事项：提前沟通：企业在安排调休时，应当提前与员工进行沟通，明确调休期间的工资支付标准，避免产生不必要的纠纷。记录与证据：企业应当保留好调休安排的相关记录和证据，以备后续可能的劳动争议调查使用。

调休扣三倍工资是否合法不能一概而论，需要根据调休的性质、公司的规章制度以及劳动法的相关规定来判断。企业应当遵循法律规定，与员工进行充分沟通，并在实际操作中注意合规性，以避免潜在的劳动纠纷。