村书记违规办理低保的处理方式如下：

1. 责令退还 ：对于违规领取的低保金，有关政府部门有权责令其退还。

2. 行政处罚或纪律处分 ：对于违规办理低保的政府部门或工作人员，可以视情节轻重给予行政处罚或纪律处分。

3. 追责 ：对违规办理低保的公职人员，应当依据有关规定进行追责。

4. 赔偿 ：对于违规办理低保导致的不良后果，应当由有关政府部门或工作人员承担相应的赔偿责任。

5. 法律依据 ：

• 《中华人民共和国社会保险法》第二条：国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。

• 《中华人民共和国刑法》第三百九十七条：国家机关工作人员滥用职权或者玩忽职守，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。

• 《中华人民共和国刑法》第三百八十二条第一款：国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。

6. 党内处分 ：对于党员村书记，除了上述法律处罚外，还可能受到党纪处分，如警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等。

7. 重新选举 ：如果村书记因违规操作被撤职，应按照相关规定进行重新选举。

综上所述，村书记违规办理低保的行为会受到法律和政策的多重制裁，包括退还违规领取的低保金、行政处罚、纪律处分、追责、赔偿以及可能的党内处分。具体处理方式应根据实际情况和相关法律法规进行。