事业单位领导主动辞职的处理方式需根据辞职类型和单位规定进行区分，具体可分为以下几种情况：

一、主动辞职的类型与程序

1. 因公辞职

   因工作需要调离原岗位时，领导可提出因公辞职申请，需报经批准。

2. 自愿辞职

   领导自主决定离职，需提交书面申请并说明理由，经批准后办理离职手续。

3. 引咎辞职

   因工作失职或失误需承担领导责任的，应主动提出引咎辞职。

4. 责令辞职

   因违反纪律或法律法规被要求辞职的，需按单位规定执行。

程序要求 ：辞职需提前30个工作日书面通知单位，单位需在30个工作日内办理相关手续。

二、辞职后的权益保障

1. 经济补偿

   • 工作年限计算 ：按实际工作年限计算，每满1年支付1个月工资的标准向劳动者支付。

   • 月工资标准 ：以劳动者本人月工资为基数，高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资300%的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过12年。

2. 违法辞退的赔偿

   若单位存在以下情形迫使辞职（如未依法支付报酬、未提供劳动条件等），可认定为违法解除：

   • 未提前30天书面通知或额外支付1个月工资；

   • 未支付经济补偿或赔偿金。

   此时，除要求继续履行或赔偿损失外，还可主张赔偿金，赔偿金为经济补偿金的2倍。

三、注意事项

1. 证据收集

   • 保留沟通记录、邮件、绩效评估报告等材料，证明辞职原因及单位责任。

   • 若存在被迫辞职情况，需收集单位违法行为证据（如违规通知、拒绝协商等）。

2. 职业规划

   • 利用离职时间提升技能，关注招聘信息，做好职业转型准备。

四、争议解决途径

• 协商无果 ：可通过单位内部调解、劳动仲裁或诉讼维护权益。

• 法律咨询 ：咨询劳动法律师，确认权益后再采取行动。

以上内容综合了《事业单位领导人员管理规定》及劳动法相关规定，具体操作中需结合单位实际情况。