入职三个月公司未缴纳社保的赔偿问题，需根据实际情况综合处理，具体如下：

一、核心结论

用人单位需补缴社保并承担部分损失，但无直接赔偿 。劳动者可通过协商、投诉、仲裁或诉讼等方式**。

二、具体处理方式

1. 要求补缴社保

   用人单位自用工之日起30日内应办理社保登记并缴费，欠缴部分需按日加收万分之五的滞纳金。劳动者可要求单位补缴欠缴期间的社保费用。

2. 协商与投诉

   • 首先与雇主沟通，要求补缴社保，部分情况下可协商解决。

   • 协商无果时，可向劳动监察部门投诉，由其责令单位限期改正并补缴费用。

3. 经济补偿与损失赔偿

   • 经济补偿 ：若因未缴社保导致解除劳动合同，单位需支付经济补偿，工作不满6个月支付半个月工资。

   • 实际损失赔偿 ：如无法享受医保报销、生育保险待遇等，可要求单位赔偿相关费用（如医疗费、生育津贴等）。

4. 法律途径

   协商、投诉无效时，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院提起诉讼。仲裁或诉讼时需提供劳动合同、工资单、社保记录等证据。

三、法律依据

• 补缴与滞纳金 ：《社会保险法》第六十条、第八十六条。

• 经济补偿 ：《劳动合同法》第四十六条（经济补偿标准）。

• 损失赔偿 ：《社会保险法》第六十三条（因欠缴社保导致的损失赔偿）。

四、注意事项

• 时效性 ：社保补缴时效为1年，但赔偿（如经济补偿）需在争议发生之日起1年内主张。

• 协商优先 ：尽量通过协商解决，避免长期纠纷。

通过上述方式，劳动者可有效维护自身权益，同时促使用人单位规范社保缴纳行为。