省直事业单位待遇差的原因主要有以下几点：

1. 地区经济发展不平衡 ：省直单位所在的地区通常不是省内最发达的地区，与省会城市和一些发达的县区相比，待遇自然会低一些。但是，与省内一些落后地区相比，省直单位的待遇还是要好很多。

2. 财政资源分配 ：发达地区如珠三角、江浙一带，由于财政宽裕，福利政策倾斜于基层，津贴等都很到位。而一些普通地区由于省内发展不平衡，导致一些相对发达的城市平均值较高，而省直单位作为全省的平均值，自然会比这些发达城市低。

3. 单位级别和性质 ：省直事业单位虽然级别较高，属于政府部门，但其竞争力度大，压力不一定比私企更大，收入相对稳定但不算特别高。很多省直事业单位的编外人员都在期待转为编制，但转为编制需要一定的关系和背景。

4. 工资构成 ：事业单位工资主要由基本工资（岗位工资和薪级工资）、绩效工资、津补贴构成。虽然省直事业单位的基本工资全国各地一个标准，但岗位工资和薪级工资往往受到职称和级别的影响，而绩效工资和津补贴则可能因地区和单位的不同而有所差异。

5. 绩效考核和奖金 ：在一些省份，省直单位虽然享受省级的绩效考核和奖金，但由于各种原因，这些奖金的发放可能不如市级单位及时或金额较少。这也可能导致省直单位的待遇相对较低。

综上所述，省直事业单位待遇差的原因主要在于其所在地区的经济发展水平、财政资源分配、单位级别和性质、工资构成以及绩效考核和奖金的发放等多个方面。