省直事业单位比市直待遇低的原因主要有以下几点：

1. 地区经济发展水平 ：省直单位所在的地区通常不是省内最发达的地区，与省会城市和一些发达的县区相比，待遇自然会低一些。但是，与省内一些落后地区相比，省直单位的待遇还是要好很多。

2. 财政拨款差异 ：省直事业单位的待遇一般由省级财政拨款，而市直事业单位的待遇则由市级财政拨款。由于市级财政相对省级财政较为紧张，因此市级事业单位在福利待遇上可能会有所欠缺。

3. 单位创收能力 ：省直事业单位和市直事业单位的待遇也受单位自身创收能力的影响。如果省直单位没有足够的创收能力，其待遇可能比不上一些有较好创收能力的市直事业单位。

4. 福利政策倾斜 ：在一些发达地区，如珠三角、江浙一带，福利政策倾向于基层，因此省直单位在这些地区的待遇可能比不上这些地区的市直事业单位。

5. 管理和晋升 ：虽然省直事业单位在管理和晋升上与市直事业单位没有本质区别，但由于省直单位的上级部门通常是政府部门，而市直事业单位的上级一般为市政府部门直属，因此在实际操作中，省直单位的晋升可能更为困难。

6. 工作性质和职能 ：省直事业单位和市直事业单位在职能和工作性质上可能存在差异，这也可能导致待遇的不同。例如，一些省直单位可能承担更多的行政管理和决策职能，而一些市直单位则可能更侧重于具体的业务执行。

综上所述，省直事业单位的待遇相对较低，主要是由于其所在地区的经济发展水平、财政拨款差异、单位创收能力、福利政策倾斜、管理和晋升难度以及工作性质和职能等多种因素共同作用的结果。