医学定向生的违约处理主要包括以下几个方面：

1. 学费退还 ：违约的医学定向生需要全额退还已享受的学费，这些费用将缴入国库。

2. 违约金支付 ：根据《民法典》的相关规定，违约方需承担违约责任，包括支付违约金。对于医学定向生而言，违约金的具体数额可能为五年培养费用总和的50%。

3. 执业医师资格 ：违约的医学定向生将失去报考执业医师资格，并且不予办理执业医师资格注册手续。

4. 档案转递 ：违约的医学定向生在5年内不可以转递毕业生档案。

5. 就业限制 ：违约的医学定向生在5年内不予入编录用，并且全省县级以上单位不予录用。

6. 诚信档案 ：违约行为将被记入大学生诚信档案，对个人再次高考录取的影响限于国家垄断行业的专业和其它对个人素质要求较高的专业和学校。

7. 其他后果 ：违约的医学定向生可能还需承担其他违约责任，如在一定期限内不得报考公务员或其他相关岗位等。此外，违约行为可能会被记录在个人信用档案中，对个人的信用状况产生不良影响。

8. 法律途径 ：如果违约行为情节严重，医学定向生可能会被追究法律责任，面临民事或刑事处罚。

综上所述，医学定向生在违约后需要承担一系列严重的后果，包括学费退还、违约金支付、执业医师资格丧失、就业限制、诚信档案记录等。因此，医学定向生在签订定向协议时应慎重评估其后果，避免造成不必要的损失。