如果您的科三考试已经通过，但在网上查询显示不合格，可能的原因有以下几点：

1. 系统故障 ：电脑系统可能出现故障，导致考试成绩未录入电脑系统。

2. 信息数据未上传 ：学员考完试后，如果没有在现场考场签字确认成绩合格，那么在交管平台查询到的成绩可能会显示为不合格。

3. 系统数据延迟 ：考试成绩合格后并签字确认，需要等待1-3天才能上传到交管系统，第4天后再查询可能会有不同结果。

4. 操作问题 ：如果考试当天就查询到不合格，可能是交管系统延迟或系统还未更新导致未显示合格信息。

5. 其他技术或系统问题 ：可能存在一些技术或系统问题，导致信息不同步。

建议的解决步骤：

1. 等待一段时间再查询 ：首先，可以等待1-3天，因为系统数据可能需要一些时间上传和更新。

2. 联系驾校 ：及时联系驾校，询问他们是否知道这种情况的原因，并寻求他们的帮助。

3. 拨打当地交管所电话 ：如果驾校无法解决问题，可以拨打当地交管所的电话进行咨询，了解具体情况并寻求解决方案。

4. 前往当地交管部门 ：如果电话咨询服务无法解决问题，可以亲自前往当地的交管部门，携带相关证件，向工作人员咨询并说明情况。

5. 查看系统错误 ：要求交管部门的工作人员查看系统中的详细错误信息，了解为何系统显示不合格。

通过以上步骤，您应该能够找到问题的原因并解决科三考试网上查询显示不合格的问题。