公务员工龄40年与39年退休的主要区别体现在养老金构成及待遇水平上，具体分析如下：

一、基础养老金差异

1. 计算公式

   基础养老金 =（退休时上年度社会平均工资 + 本人指数化月平均缴费工资）÷2 × 缴费年限 × 1%

   • 缴费基数差异：按最低缴费基数60%缴费时，40年工龄比39年多交0.8%的社平工资；按300%缴费时，多交2%

   • 具体差额：若当地社平工资为5000元，40年工龄比39年多交约60-200元/月

2. 过渡性养老金差异

   • 仅影响缴费年限较短者（39年），40年工龄无过渡性养老金

   • 差额计算：按0.78%-3.9%的社平工资比例计算，例如5000元基数下约差79-300元/月

二、个人账户养老金差异

• 按8000元社平工资计算，40年工龄比39年多积累约9986元个人账户余额

• 个人账户养老金 = 个人账户储存额 ÷ 计发月数，每月多领取约72-108元（扣除3%个税后）

三、职业年金差异

• 账户余额为个人账户养老金的1.5倍，40年工龄比39年多积累约168元/月

• 扣除3%个税后，每月多领取约105元

四、长期影响

• 调整优势 ：40年工龄在每年养老金调整时，因缴费年限更长，挂钩调整幅度更大

• 总待遇 ：40年工龄退休后每年总养老金增长幅度更高，生活质量保障更优

五、其他待遇

• 丧葬补助金、抚恤金等一次性待遇与工龄无关，但40年工龄可能因职务或地区政策略有差异

40年工龄公务员在基础养老金、职业年金及长期调整中更具优势，但具体差额受缴费基数、地区政策等因素影响。