当月发放两个月工资导致扣税的情况，需根据工资发放性质和税务规定综合处理，具体如下：

一、工资发放性质决定计税方式

1. 合并计税原则

   若单位将两个月工资合并为一个月发放，需按合并后的收入计算个税。例如，1-2月工资合并后，以当月收入为基数代扣税款。

2. 分月计税操作

   单位可按实际发放月份分别制表报账，将两个月工资分属不同月份计算个税。例如，1月工资与2月工资分别申报，避免重复扣税。

二、特殊情况处理

1. 补发工资争议

   若因工资拖欠补发两个月工资，可能被一次性扣除个税。此时需向税务机关说明情况，经批准后可调整至对应月份代扣。

2. 跨年工资处理

   若跨年发放工资（如次年1月补发前一年12月及次年1月工资），可按累计收入与费用计算，全年个税不受单月发放影响。

三、注意事项

• 避免重复扣税 ：单位需与税务部门沟通，确保申报明细与代扣金额一致，避免因核算差异引发争议。

• **途径 ：若单位违规合并扣税导致多缴税款，可向当地税务部门投诉。

四、法律依据

• 工资薪金所得 ：以每月收入额减除5000元费用后计算应纳税所得额，按月代扣。

• 累计预缴制 ：全年收入合并计算个税，单月发放不影响全年总额。

总结 ：当月发放两个月工资的个税计算方式取决于发放性质，单位应依法合规操作，避免损害员工权益。若遇争议，可通过沟通或投诉解决。