三支一扶人员在辞职后，其档案处理方式主要取决于辞职的原因、是否经过相关部门批准以及当地政策的具体规定 。以下是几种可能的情况：

1. 经批准辞职 ：

• 如果三支一扶人员在服务期内因特殊原因辞职，并经过当地人社部门或三支一扶办公室的批准，那么他们的辞职通常会被记录在个人档案中，但不会对报考公务员或事业单位产生负面影响。

2. 未经批准辞职 ：

• 如果三支一扶人员未经批准擅自辞职，或者虽然提出申请但未获批准，那么他们的人事档案和党团关系可能会被扣押，无法与其他企业签订劳动合同，也无法报考任何公职类考试。在某些情况下，这种行为甚至可能被记录在个人诚信档案中。

3. 服务期满后的辞职 ：

• 对于服务期满后辞职的三支一扶人员，如果辞职前已经完成了服务期内的所有任务，并且没有未了结的责任或债务，那么他们的辞职通常不会对个人档案产生负面影响。

综上所述， 三支一扶人员辞职后是否会记入档案，主要取决于辞职的过程是否符合相关规定和程序 。建议辞职前详细咨询当地人社部门或三支一扶办公室，了解具体的政策和操作流程，以避免可能产生的不利影响。