明朝查案的部门主要包括中央的三法司和地方的司法机关，以及特别司法机关厂卫。

1. 中央三法司：

   • 刑部：作为国家最高司法机关，刑部负责审理全国的上诉案件、审核地方重案要案、审理中央各部门案件。刑部的职责包括调查取证、适用法律条文、权衡罪责轻重，并给出公正的判决。
   • 都察院：主要负责司法监察，对刑部和大理寺审理、复核过的案件有纠举的权力。都察院的都御史可以与刑部尚书和大理寺卿共同审理重大案件。
   • 大理寺：专管复核而不掌审判，对刑部审理的案件进行复核，确保司法裁决的公正性。

2. 地方司法机关：

   • 提刑按察司：地方司法系统的核心，负责审理地方各类案件，包括刑事案件和民事案件。
   • 府、州、县：地方行政单位，其长官如知府、知州、知县等也负责审理案件，尤其是民事案件。

3. 特别司法机关厂卫：

   • 锦衣卫：设有南、北镇抚司，北司掌诏狱，直接对皇帝负责，处理政治案件等特殊案件；南司掌锦衣卫本卫刑名。
   • 东厂：由宦官掌管，权力包括缉事、告劾、缉捕、监禁、审讯等，主要处理政治案件和特殊案件。

4. 其他参与司法审判的机构：

   • 吏部、户部、礼部、兵部、工部：在重大案件中，这些部门的官员会参与会审和朝审案件的复核。
   • 通政使司、六科：参与重大案件的会审和朝审案件的复核，并负责受理特定类型的案件。

这些部门共同构成了明朝严密复杂的司法体系，确保了司法审判的公正性和权威性。