关于以审计单位审定为工程竣工结算依据的问题，综合相关法律法规和司法实践，主要存在以下要点：

一、审计结论的定位

审计结论属于 行政监督行为 ，其核心目的是对政府投资建设项目的资金使用情况进行监督，而非直接调整民事合同关系。审计结论本身 不直接作为工程结算的依据 ，但可能影响结算结果。

二、合同约定与结算依据的关系

1. 明确约定的优先性

   若施工合同中明确约定“以审计结果作为工程竣工结算依据”，则该约定具有优先性，法院通常会尊重合同当事人的意思自治。

2. 未明确约定的处理原则

   若合同未明确约定审计结论作为结算依据，人民法院一般以当事人确认的工程决算价款为准，而非审计结论。

三、审计结论的法律效力限制

1. 行政监督与民事合同的区分

   审计法规范的是审计机关与建设单位之间的行政关系， 不能直接作为施工合同当事人之间结算的依据 。地方性法规若强制以审计结果作为结算依据，可能因超越立法权限被纠正。

2. 审计结论的证明责任

   若承包人主张审计结论不真实，需提供充分证据（如其他鉴定意见、合同条款等）进行抗辩。法院可结合双方证据综合判断。

四、特殊情形的处理

• 审计未完成时的处理

  若审计单位长期未出具审计结论，承包人可申请司法鉴定确定工程价款，或要求发包人承担违约责任。

• 审计结论与工程决算价款不一致

  除合同明确约定外，法院通常以当事人确认的工程决算价款为准，但会审查审计程序的合法性和审计结论的合理性。

五、法律依据与政策导向

根据住建部、财政部等部门的文件精神，政府投资工程 不得以审计结论作为工程结算的强制依据 ，以避免行政干预民间交易。地方性法规中相关条款若被认定为超越权限，可能被认定为无效。

总结 ：审计结论可作为工程价款结算的参考或争议解决依据，但需结合合同约定和法律规定综合判断。建议当事人在签订合同时明确约定结算依据，以减少争议风险。