​​政府审计不能直接作为工程结算依据，其本质是行政监督行为，与平等民事主体间的结算属于不同法律关系。​​核心依据在于：审计机关无权干预民事合同履行，且2017年后全国性法规已明确禁止强制“以审代结”，仅允许双方自愿约定。若合同未明确约定，审计结论对结算无约束力；即使约定，长期未审计或审计不公时，施工方可申请司法鉴定突破限制。

政府审计与工程结算的法律性质存在根本差异。审计机关行使的是对财政资金使用的行政监督权，而工程结算是建设方与施工方基于合同约定的民事行为。前者针对公共资金合规性，后者聚焦工程造价确认，二者目的和效力范围不同。若强制捆绑，既混淆行政与民事界限，又可能导致审计机关“既当裁判员又当运动员”，违反审计独立性原则。

合同自愿原则是突破“以审代结”的关键。根据最高人民法院判例，仅在合同明确约定且审计程序合理的前提下，审计结果方可作为结算依据。但若审计拖延（如超合同约定期限）或结论显失公平，施工方有权通过司法鉴定重新确定价款。例如，某案例中工程竣工8年未完成审计，法院最终采纳鉴定结果作为结算标准。

实践中需警惕变相强制条款。部分地方政府通过制式合同或招标文件隐含“以审代结”要求，此类条款因限制民事权利可能被认定无效。施工单位应主动核查合同条款，避免陷入被动。若已签署不利条款，可依据《保障中小企业款项支付条例》等规定主张权利。

​​​​尊重合同约定、厘清审计边界是解决争议的核心。施工单位应保留工程资料完备性证据，遇审计拖延时及时主张权利，必要时借助司法途径维护权益。