事业单位扣发绩效工资是否合法，需要根据具体情形进行判断。以下分点展开说明：

1. 绩效工资的定义及扣发条件

绩效工资是事业单位工资的重要组成部分，主要用于激励员工的工作表现。根据《事业单位人事管理条例》和《事业单位绩效工资管理办法》，绩效工资的发放需结合岗位职责、工作实绩和考核结果。扣发绩效工资通常适用于以下情况：

• 员工未完成岗位职责或未达到考核标准。
• 员工存在违反单位规章制度的行为。

2. 扣发绩效工资的合法性与程序

扣发绩效工资是否合法，取决于扣发依据和程序是否合规：

• 依据合法性：扣发绩效工资必须基于单位规章制度或劳动合同中明确的考核标准。
• 程序合规性：扣发绩效工资需履行民主程序，并对员工进行公示和告知，确保扣发行为透明、公正。

3. 扣发比例与限制

扣发绩效工资的比例和方式需符合相关法律法规的规定：

• 绩效工资的扣发比例通常由单位内部规章制度明确，但不得突破法律对最低工资保障的限制。
• 扣发行为不得影响员工的基本生活，且扣发金额需在合理范围内。

4. 常见扣发争议与解决

事业单位扣发绩效工资常引发争议，主要集中在以下几个方面：

• 考核标准不明确：若单位未制定明确的考核标准和扣发规则，扣发行为可能被认定为不合法。
• 程序不规范：未履行民主程序或未对员工进行公示，可能导致扣发行为无效。
• 扣发金额过高：扣发比例过高或扣发金额明显不合理，可能侵害员工权益。

针对这些争议，员工可通过以下途径解决：

• 向单位工会或人事部门反映情况。
• 提交劳动仲裁申请，维护自身合法权益。

5. 总结与提示

事业单位扣发绩效工资是否合法，取决于扣发依据、程序和比例是否符合法律法规的要求。员工应了解自身权益，关注单位的考核标准和扣发规则，确保扣发行为公平、透明。单位在制定和执行绩效工资制度时，也需遵守相关法律法规，保障员工的合法权益。