擅自更换项目经理的违约金金额需根据合同约定和实际情况确定，具体分析如下：

一、违约金的确定依据

1. 合同约定优先

   违约金金额通常在合同中明确约定，如固定金额（如4万元/次）或与工程进度款挂钩的计算方式。若合同未明确约定，需结合工程规模、双方过错程度等因素协商确定。

2. 相关法律规定

   根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定时，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。违约金的设定应与实际损失相当，避免显失公平。

二、常见违约金标准

1. 固定金额条款

   多数合同规定每次擅自更换项目经理的违约金为4万元，也有案例显示可协商调整为5000元或10000元，但需经发包人同意。

2. 与工程进度款挂钩

   部分合同将违约金与工程进度款按比例计算，例如按日扣减工程款的0.5%。

三、调整违约金的可行性

• 协商调整 ：双方可就违约金金额进行协商，但需符合公平原则，且通常需以书面形式确认。

• 法律限制 ：违约金不得低于合同履行成本的30%或高于造成的损失30%，否则可能被认定为显失公平。

四、其他注意事项

• 更换程序要求 ：擅自更换可能需经发包人同意并报建设管理部门批准，否则可能直接构成违约。

• 责任承担方式 ：除违约金外，违约方还需承担因更换导致的工期延误、质量损失等补充责任。

擅自更换项目经理的违约金金额需以合同约定为准，但可通过协商调整。若合同未明确约定，建议参考行业惯例并结合实际情况确定。